Struktur organisasi RSUD Lubuk Basung mengikuti Peraturan Daerah Kabupaten Agam tentang Tata Kerja Rumah Sakit Umum Daerah, yang dipimpin oleh seorang Direktur dan didukung oleh:
- Bagian Tata Usaha — Kepegawaian, Umum, Keuangan
- Bidang Pelayanan Medis — Rawat Jalan, Rawat Inap, IGD
- Bidang Keperawatan — Asuhan Keperawatan, Etika & Mutu Keperawatan
- Bidang Penunjang Medis — Laboratorium, Radiologi, Farmasi, Gizi
- SPI & Komite — Komite Medik, Komite Keperawatan, Komite PPI, SPI
Setiap unit dipimpin oleh kepala bidang/bagian yang bertanggung jawab langsung kepada Direktur.